Hanti-Manszijszk fontos közlekedési központ, legalábbis nyáron. Hajók indulnak innen fel az Irtisen, ill. a közeli Irtis-torkolaton át fel és le az Obon. Egyes hajók csak a közeli településekre járnak, másokkal – a szárnyashajókkal – egy nap alatt elérhetjük Tobolszkot, Kondát, Szurgutot vagy Berjozovót.
A helyiek pontosan számon tartják, hogy hova milyen típusú hajó jár, ez ugyanis alapvetően meghatározza, hogy milyen sebességgel és milyen körülmények között juthatunk el a célpontunkhoz.
A kikötő főépülete maga is hajóra emlékeztet, és viszonylag modern. Meglehetősen kulturált körülmények között lehett várni a hajók indulását. Egyes járatokra elővételben is meg lehet venni a jegyet, bár rejtélyes okokból csak hajnali öt és délután két óra között. (A helyiek emlékei szerint egy időben viszont csak délután és este lehetett elővételben jegyet venni.) Fontos tudni, hogy beszállás előtt le kell mérni a poggyászt, és a 20 kg feletti kilókért pótdíjat kell fizetnünk. A pótdíj kilónként a jegyár 1%-a. Pótdíjat azonban kizárólag a nagyobb kikötőkben kell fizetni, így aki nehéz poggyásszal utazik és módja van rá, leszállhat az első megállóban, és amikor újra felszáll, már nem kell pótdíjat fizetnie. (Lehet, hogy le sem kell szállni, csak új jegyet venni az első megálló után: a legtöbb állomáson nem árulnak jegyet, a hajón kell kifizetni a viteldíjat.)