A manysiban négy kemény–lágy mássalhangzópár van: [n] – [ny], [t] – [ty], [l] – [ľ] (régi magyar, nyelvjárási [ly]) és [sz] – [ś] (ez utóbbi, akárcsak a permi nyelvekben, inkább a magyar [s]-hez, mint a magyar [sz]-hez áll közel). Ezeket pontosan úgy jelölik, ahogy az orosz helyesírásban (kihasználva az э–е párt is): та [ta], тя [tya], тэ [te], те [tye] stb. Egyedüli jelentős elétérés az [i] jelölésében tapasztalható, ezt [n], [t], [l] és [sz] után ы-vel írják. A manysiban az [ï] (azaz hátrébb képzett [i]) nagyon ritkán, [kh] (olyasmi, mint a magyar doh szó végén) után és [γ] előtt (ez utóbbi egy, a [g]-vel azonos helyen képzett hang, azonban nem felpattan, hanem képzésekor egy résen át távozik a levegő) fordul elő: ezt egyes kiadványok ы-vel, mások и-vel jelölik. Rádásul van van [ə], azaz svá is (az angol a 'egy' névelőből vagy az -able '-ható, -hető' képzőből is ismerős), és ezt szintén ы-vel jelölik, így a ны kapcsolat hol [ni]-nek, hol [nə]-nek olvasandó (hasonló kettős olvasatuk viszont csak a ты, лы, сы betűkapcsolatoknak van, hiszen az ы mindenhol máshol csak [ə]-t jelölhet; ráadásul az [ə] nem fordul elő első szótagban, így ott e kapcsolatok olvasata egyértelműen [ni], [ti], [li] ill. [szi]). A [ji] hangkapcsolatot szó elején mindig a йи betűkapcsolat jelöli, magánhangzó után azonban a jelölés következetlen: hol csak и-t, hol csak йи-t írnak. (Mivel magánhangzó után közvetlenül sosem állhat [i], ez az ingadozás nem okoz különösebb gondot.) Ha a [j] + magánhangzó kapcsolat nem lágy mássalhangzót követ, akkor keményjelet használnak: pl. къя [kja].
A már említett sván kívül a manysiban nincs olyan magánhangzó, melynek ne lenne saját betűje az oroszban – azonban minden magánhangzó lehet hosszú is (legalábbis az első szótagban). A hosszúságot korábban nem is jelölték, a kilencvenes évektől kezdve a betű fölé tett vízszintes vonallal (az úgynevezett makronnal) jelölik. Ezek közül csak az ӣ és az ӯ része a szabványos Unicode készeltnek, de egy további részük megtalálható a latin készletben: ā, ē, ō. A я̄, a ё̄, a ю̄ az э̄ és az ы̄ (ez utóbbi csak a hosszú [i]-t vagy [ï]-t jelölheti) hosszú változata azonban csak külön karakterrel állítható elő, ezért nem is néz ki túl jól. Talán a technikai nehézségekből adódik, hogy bizonyos kiadványok ma is a hosszúság jelölése nélkül jelennek meg. (Az érdekesség kedvéért megjegyezzük, hogy akik a hosszúságot jelölik, jelölik az [e] hosszúságát is, holott ez első szótagban mindig hosszú, a többi szótagban mindig rövid, tehát a két hosszúsági fok jelölésére nincs szükség.)
A mássalhangzóknál körében az orosz és a manysi jelölés között olyasmi különbségeket találunk, mint korábban a mariban: в [w]-t jelöl, г [γ]-t, és szükség van egy saját betűre az [ƞ] ([n]-hez hasonló, de annál hátrébb képzett hang, a magyarban a [k] és [g] előtt fordul elő, az angolban ilyen van pl. a folyamatos melléknévi igenév – -ing – végén) jelölésére: ez a manysiban az ӈ. (Ugyanezt a hangot korábban az нг betűkapcsolattal jelölték, előfordul ma is.)
Van a manysiban még egy említésre méltó mássalhangzó, a [kw]. Ez olyan, mintha a [k] után (vagy már közben) egy rövid kis [w]-t mondanánk, ez azonban nem hangkapcsolat, hanem egyetlen hang. Ezt a helyesírás betűkapcsolattal (кв) jelöli.
A manysi helyesírással kapcsolatban még egy érdekességet kell megemlítenünk. Mint arra fentebb felhívtuk a figyelmet, a manysi [ś] inkább a magyar [s]-hez, mint a magyar [sz]-hez áll közel. Azt, hogy ezt a cirill с betűvel, ill. a hozzá kapcsolt, lágyságot jelölő betűvel írják (holott az oroszban az ilyen kombinációk a magyar [sz]-hez közel álló hangokat jelölnek), egyszerűen abból fakad, hogy az orosz írás rendszerét igyekeznek utánozni – és persze nem kis szerepet játszik az is, hogy az oroszban így jelölt hangok nincsenek meg a manysiban (sem a permiekben). Csakhogy van az oroszban egy olyan betű, amely kilóg az orosz lágyságjelölés rendszeréből, viszont éppen azt a hangot jelöli, amelyik a permi nyelvekben és a manysiban is megvan: a щ (magyar neve scsá).
(Itt egy pillanatra meg kell állnunk, hiszen Magyarországon széles körben (legalábbis azok körében, akik valaha oroszul tanultak, de sosem volt alkalmuk orosz környezetben legalább a hétköznapi társalgás szintjén megtanulniuk) elterjedt az a nézet, hogy ezt a betűt [scs]-nek kell olvasni. Nos, igaz, hogy valamikor ez a betű valóban egy ilyen hangkapcsolatot jelölt – és az ukránban jelöl még ma is –, ám ez az ejtésmód a 19. század során eltűnt, és helyén egy [s]-hez hasonló lágy hang jelentkezett. Magyarra az orosz nevekben szereplő щ-t a mai napig scs- vel kell átírni, de ez már régen nem felel meg az orosz kiejtésnek.)
Újabban tehát ezt a hangot egyes manysi kiadványokban щ-val írják. Mivel maga jelöli a lágyságot, ezt már nem kell utána külön jelölni, érdekes módon azonban utána hol lágyságot jelölő (е, ё, и), hol lágyságot nem jelölő (а, у) magánhangzójelek állnak. A [szi] hangkapcsolatot azonban továbbra is a сы betűkapcsolat jelöli, pedig így már a си is jelölhetné anélkül, hogy félreértéseket okozna.
Ismeretlen nyelvű szöveget bátran azonosíthatunk manysiként, ha a hosszú magánhangzók fent bemutatott jeleit, illetve az ӈ-t fedezzük fel benne (ez utóbbi bizonyító ereje azonban kicsi, mivel több más nyelv írásában is előfordul). De mi van, ha 1990 előtt megjelent kiadvánnyal van dolgunk, vagy éppen olyannal, amelyik ennek hagyományait követi (pl. a Magyarországon nemrég megjelent verseskötet)?
Ilyenkor jó fogódzó lehet a нг gyakori felbukkanása vagy az, hogy az н mássalhangzók között, illetve mássalhangzó után, szó végén fordul elő. Nem első szótagban a magánhangzók közül csak az а(я), az э (е), az и vagy az ы fordul elő, illetve az у, de kizárólag в vagy м előtt. A szövegben az orosz ábécé betűi közül nem fordul elő a б, a д, a ж, a з, a ф, a ц, a ч és a ш. (Természetesen az utóbbi két szempont akkor használható, ha ki tudjuk szűrni a szövegben felbukkanó orosz jövevényszavakat, amelyekre mindez nem érvényesül.) Ráadásul még ekkor sem lehetünk teljesen biztosak abban, hogy nem hanti szövegről van szó. Ha azonban a нгкв betűsorral találkozunk, kisebb összeget már feltehetünk arra, hogy manysi szöveggel van dolgunk. (A кв elő nem fordulása azonban nem garantálja, hogy nem manysiról van szó, mert egyes alnyelvjárásokból ez a hang hiányzik, és a manysi szövegek általában tükrözik a szerző – esetleg a szerkesztő – nyelvjárási hátterét.) További jó fogódzó lehet, hogy ha a szövegben nyilvánvalóan orosz jövevényszóban ч vagy ш van, mert ezek (pontosabban a [cs] és [s] hangok) legalább egyike szinte minden hanti nyelvjárásban előfordul, de az északi manysi egyetlen alnyelvjárásában sem: ezek bármelyikének felbukkanása a hant felé tereli a gyanút.
Végezetül pedig egy olyan példát szeretnék bemutatni, amely jól mutatja, milyen bonyolultan játszik egymásba a saját helyesírás és az orosz hatása. Az orosz 'család' szót átvette a manysi is. Ezt a szót oroszul семья-nak írják és [sz'em'ja]-nak ejtik. A manysiba [śémja] alakban került be (az [sz'] helyén, mivel ilyen hang a manysiban nincs, [ś] áll; az [e] első szótagban mindig hosszú; [m'] nincs a manysiban, ezért [m] váltja fel). Ez a szót a щ-t használó kiadvány щēмья-nak írja. A szó írott alakja tehát erősen megváltozik, de az eredeti írásmódból megőrződik a ь használata, holott az adott pozícióban a kötet helyesírása szerint ъ-nek kellene állnia.