A nganaszan helyesírás is az oroszt követi abban a tekintetben, hogy a mássalhangzók lágyságát általában az őket követő magánhangzók jelölik (vagy ha nem magánhangzó következik, akkor a lágyságjel.) A nganaszanban három kemény–lágy pár van: [n] – [ny], [l] – [ľ] (korábban a magyarban is megvolt, egyes nyelvjárások ), [sz] – [ś] (a magyar [s]-hez áll közelebb). Ezen kívül van egy lágy hang, aminek nincs kemény párja, a [gy].
A [ś] jelölése kivételes, ha [o] követi: ilyenkor lágyságát nem az őt követő ё jelöli, hanem saját betűjele van: ҫ (amit az о követ). (Nem találtam példát a nganaszanban [ľo] és [nyo] kapcsolatra, [gyo] biztosan előfordul, de az ábécében nem. Az ábécéskönyben a ё kizárólag szó eleji helyzetben szerepel, ekkor is egy orosz szóban – a nganaszanban nincs szó eleji [j]).
A [gy]-t ugyanúgy a д + я/е/и/ё/ю/ь jelöli, mint az oroszban. (Bár elvben a д lágyságát külön nem kellene jelölni, hiszen [d] nincs, a heti egy órában nganaszanul – egyébként oroszul – tanuló gyerekek számára egyszerűbb az orosz mintát követni.)
A я nem csak lágy mássalhangzót jelölhet. Ha nem д, л, н vagy с után áll, akkor az [ia] diftongust jelöli.
A nganaszanban ugyan megvan az [ï], de lágy mássalhangzó után nem fordulhat elő, és az [i] sem fordulhat elő olyan nem lágy mássalhangzó után, aminek van lágy párja. Ebből következik, hogy az ы és az и használata hasonló az oroszhoz (azzal a különbséggel, hogy kemény, de lágy párral nem rendelkező mássalhangzók után az [ï] és az [i] is előfordulhat).
A nganaszanban három olyan magánhangzó van amelyik nem fordul elő az oroszban, és ezért saját betűjelet kellett kialakítani neki: a magyar [ü]-höz hasonlót ү-vel, az [ö]-höz hasonlót ѳ-vel jelölik – ezek nem jelenhetnek meg olyan kemény mássalhangzók után, amelyeknek van párjuk, így automatikusan jelölik az előttük álló mássalhangzó lágyságát is.
A harmadik, az ә az e-hez hasonló, de hátul ejtett hangot (nem svát!) jelöl. Ez elvileg előfordulhat lágy mássalhangzó után is, de az ábécéskönyvben nem találtam ilyen példát, így homályban marad, hogyan jelölnék az ilyen kapcsolatot.
A nganaszanban van három olyan mássalhangzó is, amely nincs meg az oroszban, ezért szintén új betűt alakítottak ki neki. Ebből kettő már ismerős: az ӈ az [n]-hez hasonló, de annál hátrébb képzett hangot, a " a gégezárhangot jelöli (a nganaszanban csak egyféle van). A harmadik bevezetett betű, ami a [δ]-t (az angol the névelő kezdőhangjához hasonlót) jelöli, teljesen egyedüli, a Unicodeban és valószínűleg a nganaszanon kívül más írásokban sem fordul elő: з̌. Bár nem túl gyakran bukkan fel a szövegekben, ez az a betű, amelyik alapján egyértelműen azonosíthatunk egy nganaszan szöveget. (Ugyanakkor feltételezhető, hogy más kiadványokban éppen ezt a betűt cserélik másra tipográfiai nehézségek miatt.)